《指导意见》明确了发展“飞地经济”的指导思想和基本原则。发展“飞地经济”，要深入贯彻落实习近平总书记系列重要讲话精神和治国理政新理念新思想新战略，按照党中央、国务院决策部署，牢固树立和贯彻落实新发展理念，深入实施区域发展总体战略，服务“一带一路”建设、京津冀协同发展、长江经济带发展三大战略，创新“飞地经济”合作机制，发挥不同地区比较优势，优化资源配置，强化资源集约节约利用，提升市场化运作水平，完善发展成果分享机制，加快统一市场建设，促进要素自由有序流动，为推进区域协同发展做出新贡献。同时，发展“飞地经济”，要坚持政府引导、市场运作，政府加强统筹协调，提高公共服务质量，遵循市场规律，着力提升合作园区开发建设、经营管理的市场化和专业化水平；坚持优势互补、合作共赢，充分发挥各地区比较优势，建立合理的成本分担和利益共享机制，促进合作各方良性互动、互利共赢；坚持平等协商、权责一致，强化合作发展理念，着力扩大发展成果，实现权利与责任对等；坚持改革创新、先行探索，创新“飞地经济”合作机制，有条件地创新政策供给，力争在重点领域和关键环节取得突破。
《指导意见》提出了支持“飞地经济”发展的重点任务。一是完善“飞地经济”合作机制。支持合作方创新合作模式，合理分担相关成本，建立完善的议事协调机制、组织架构和管理体制，鼓励按照市场化原则和方式开展“飞地经济”合作。二是强化资源高效集约节约利用。飞地园区建设用地原则上使用所在地土地指标，加强耕地资源保护，强化土地集约利用，鼓励建设绿色园区。三是规范指标统计口径和方法。明确园区所在地政府统计部门为统计主体。允许合作方综合考虑权责关系和出资比例，以及资源环境因素，对经济指标进行协商划分，仅作专门用途供内部使用。四是加强统一市场建设。支持合作方优化行政审批流程，逐步探索行政许可跨区域互认，推进转移企业工商登记协调衔接，支持合作方开展质检、通关、市场执法等领域的标准对接和结果互认。五是支持在各类对口支援、帮扶、协作中开展“飞地经济”合作。支持通过“飞地经济”，发挥市场机制，创新对口支援和东西部扶贫协作等区域合作模式，探索完善异地开发生态保护补偿机制。
下一步，国家发展改革委将会同有关方面加强对“飞地经济”发展的指导，帮助协调解决“飞地经济”发展中的重大问题，为促进区域协同发展作出积极贡献。