近年来，一些流域积极开展横向生态保护补偿试点，取得了阶段性进展，但总体上看，这项工作仍处于起步阶段，缺乏有效的合作平台，联防共治的长效机制尚未真正建立，一定程度上影响了流域生态环境治理的成效。
要按照党中央、国务院决策部署，强化政策引导和沟通协调，充分调动流域上下游地区的积极性，加快形成“成本共担、效益共享、合作共治”的流域保护和治理长效机制，使得保护自然资源、提供良好生态产品的地区得到合理补偿，促进流域生态环境质量不断改善。
补偿机制的基本原则是，流域上游承担保护生态环境的责任，同时享有水质改善、水量保障带来利益的权利。流域下游地区对上游地区为改善生态环境付出的努力作出补偿，同时享有水质恶化、上游过度用水的受偿权利。流域横向生态保护补偿主要由流域上下游地方政府自主协商确定，中央财政对跨省流域建立横向生态保护补偿给予引导支持，推动建立长效机制。
2020年，各省区域内流域上下游横向生态保护补偿机制基本建立；在具备重要饮用水功能及生态服务价值、受益主体明确、上下游补偿意愿强烈的跨省流域初步建立横向生态保护补偿机制，探索开展跨多个省份流域上下游横向生态保护补偿试点。
2025年，跨多个省份的流域上下游横向生态保护补偿试点范围进一步扩大；流域上下游横向生态保护补偿内容更加丰富、方式更加多样、评价方法更加科学合理、机制基本成熟定型，对流域保护和治理的支撑保障作用明显增强。