长江三角洲地区包括：上海、南京、镇江、扬州、泰州、南通、江阴、常州、无锡、苏州、嘉兴、湖州、杭州、绍兴、宁波、舟山等16个城市，大陆海岸线、岛屿海岸线分别占全国的21%和39%。2010年前长江三角洲地区需新增港口吞吐能力7亿吨以上，其中：集装箱码头能力3000万标准箱，进口铁矿石接卸能力9000万吨，进口原油接卸能力2500万吨。重点建设集装箱、进口铁矿石、进口原油中转运输系统和煤炭卸船运输系统：以上海、宁波港口为重点，由苏州港等长江下游沿江地区港口共同组成上海国际航运中心集装箱运输系统；以宁波、舟山为主，相应发展上海、南通、苏州、镇江等港口的进口矿石中转运输系统；以宁波、舟山为主，相应发展南京等港口的进口原油中转运输系统；以上海、舟山和电力企业自用码头为主的煤炭卸船中转运输系统。
珠江三角洲地区包括广州、深圳、珠海、东莞、中山、江门、肇庆、佛山、惠州共9个城市，2010年前，珠江三角洲区域地区需新增吞吐能力4亿吨，其中：集装箱码头能力3100余万标准箱，进口原油接卸能力2400万吨。重点建设集装箱、进口原油(含成品油、LNG、LPG)中转运输系统和煤炭卸船运输系统：以深圳、广州港为主的集装箱运输系统，按照利益共享、风险共担、优势互补、共同发展的原则，在努力巩固和保持香港国际航运中心的采购中心和结算中心地位的同时，充分发挥两地港口的资源优势，相应建设珠海、东莞等港口的集装箱码头，形成各展所长、共同发展的局面，尽可能减少港口资源的浪费；以惠州、深圳、珠海等珠江口外港口的进口原油、成品油、液化天然气(LNG)接卸码头为主，相应建设珠江口内的广州、东莞等港口的成品油、液化石油气(LPG)进口油气中转运输系统；以广州和电力企业自用码头为主的煤炭卸船中转运输系统。
渤海湾地区包括辽宁、山东、河北三个省和北京、天津两个直辖市，2010年前渤海湾地区需新增港口吞吐能力7.4亿吨，其中：集装箱码头能力2400万标准箱，大型进口铁矿石接卸能力9000万吨，大型进口原油接卸能力3000万吨，大型煤炭装船能力23300万吨。重点建设集装箱、进口铁矿石、进口原油和煤炭装船中转运输系统：以大连、天津、青岛港为主，相应发展营口、丹东、锦州、秦皇岛、京唐、黄骅、烟台、日照等港口的集装箱运输系统；由大连、青岛、日照港和京唐港曹妃甸港区组成的深水、专业化进口铁矿石中转运输系统；以大连、青岛、天津等港口组成的深水、专业化进口原油中转运输系统；由秦皇岛、天津、黄骅、京唐、青岛、日照港等组成的煤炭装船运输系统。
上述三区域沿海港口建设的规划与实施，要面向世界、面向未来，服务于全国经济社会发展的大局。在工作中要坚持以下原则：一要树立全国一盘棋思想，统筹规划，合理布局，防止低水平重复建设；二要坚持以市场为导向，以实现规模化、集约化和现代化建设为目标，建立政企分开、市场化运作的建设和管理机制；三要完善港口功能，处理好与其他运输方式的关系，实现优势互补，共同发展；四要注意运用先进科学技术，加强港口建设和改造，扩大港口吞吐能力，提高技术装备水平，走内涵式发展道路；五要保护海岸资源，提高岸线使用效益。
三区域以外的其他地区及大型厂矿企业所需的港口、码头建设规划，国家将根据区域社会、经济、贸易发展的需要进行建设或在"十一五"规划中进一步研究确定。
