“十二五”时期是深化医药卫生体制改革的攻坚阶段。内蒙古出台的《实施方案》提出，到2015年，内蒙古基本医疗卫生服务更加公平，服务水平和效率明显提高。卫生总费用增长得到合理控制，个人卫生支出占卫生总费用的比例降低到30%以下。职工医保、城镇居民医保和新农合参保率分别达到95%、95%和96%，基本实现全民医保。城镇居民医保和新农合政府补助标准每人每年提高40元，到2015年，提高到每人每年360元以上。职工医保、城镇居民医保、新农合政策范围内住院费用支付比例均达到75%左右。建立异地就医结算机制，2015年，全面实现全区内医疗费用异地即时结算，初步实现跨省医疗费用异地即时结算。
此外，还将巩固完善基本药物制度，有序将嘎查村卫生室全部纳入基本药物制度范围，对非政府办基层医疗卫生机构，根据各地实际，采取购买服务的方式将其纳入基本药物制度实施范围。推进公立医院改革，以旗县级医院为重点，统筹推进管理体制、补偿机制、人事分配、药品供应、价格机制等方面的综合改革，由局部试点转向全面推进。力争使县域内就诊率提高到90%左右，基本实现大病不出县。