一般而言，学科建设是学科知识体系在实践探索中不断创新与完善的过程。新中国成立后特别是改革开放以来，我国农业经济学发展立足我国工业化、城镇化与农业现代化发展进程，深入研究我国农村改革问题、农村基本经济制度问题、农村土地问题、农民工问题等，形成了比较丰富的中国特色农业经济学理论体系。进入新时代，提高农业经济学学科发展质量，应继续扎根我国农业现代化实践，跟踪研究“三农”前沿问题，进一步探索农业现代化发展规律。
理论创新是提高学科发展质量的根本，而一门学科的创新发展往往与时代需要紧密相连，其创新理论和观点都是为解决该领域的现实问题而产生的。提高我国农业经济学学科发展质量要紧紧围绕满足时代需要，聚焦新时代乡村振兴和农业现代化中具有全局性、战略性的领域，推动农业经济学创新发展。当前，应特别关注土地制度改革、小农户与现代农业发展、农业资源与环境、城乡融合发展、农业可持续发展等乡村振兴中的重大理论与实践问题，提出具有原创性的理论观点，既为乡村振兴和推进农业现代化提供有力学理支撑，又为我国农业经济学发展贡献创新性理论成果。
工欲善其事，必先利其器。当前，我国农业发展日益与经济建设、文化建设、社会建设、生态文明建设相融合，农业经济学的研究对象及内涵也因此得到丰富和扩展，农业经济学与管理学、社会学、食品与环境科学、信息科学等学科交叉融合发展趋势日益明显，学科发展越来越专业化、综合化。提高农业经济学学科发展质量，推动农业经济学理论创新，呼唤研究方法创新。应传承优良传统、借鉴国际经验，综合运用实证分析、数理分析、实验等多种研究方法，促进农业经济学研究方法创新，逐步改变目前农业经济学研究中重计量模型、轻案例实证的做法和倾向。
科研体制机制创新是提高学科发展质量的重要保障。应不断完善科研评价机制，改革职称评定制度，不拘一格发现和重用优秀人才，吸引海外人才，培养青年人才，建设一支国际一流的学科带头人队伍，支持和引导他们组建知识背景、年龄结构合理的研究团队，打造具有自身特色的品牌化学术团队。应深化科研管理体制改革，创新学科建设评价体系，充分发挥公共学术评价机制和公共科研资源分配机制的导向作用。同时，开展国际学术交流与合作，与国际一流学术机构建立长期合作关系，不断完善我国农业经济学学术研究与交流合作机制。