农业部副部长陈晓华就委员们提出的深化土地制度改革作出回应，一是在产权关系中，针对现实中农民的承包经营权容易受到伤害的状况，在政策制定中要重点强化对农民承包经营权的保护。二是关于土地流转的问题。陈晓华说，土地流转的政策是明确的，主要是资金不到位，全国已经有21.5%的土地进行了流转，总体是平稳的，当前要进解决的问题是，工商资本加入流转以后如何防范对农民利益的伤害和经营行为的非农化，如何设置准入制度和风险防控机制，农业部已经安排了试点探索相关办法。三是土地纠纷的调解，去年基层出现土地承包经营权纠纷50多万起，凡是建立仲裁机构的地方，都能很好地进行调解，把问题解决在基层，当前的关键是尽快建立起土地承包经营权仲裁调解体系。
国家发改委副主任徐宪平表示，国家发改委在调研的基础上正在抓紧编制《城镇化发展规划》和《促进城镇化健康发展的政策意见》，以一个规划和一个政策意见指导城镇化工作。根据委员们提出的问题和建议，将重点做好以下工作，一是有序推进农业转移人口市民化，逐步解决农民工及其随迁家属落户问题，努力实现义务教育、基本养老、医疗以及廉租房等基本公共服务均等化；二是增强产业支撑能力，推动工业化与城镇化良性互动，加快城市产业转型升级；三是优化城镇化布局和形态，积极推进城市群的建设，通过综合交通网络连接实现大中小城市互动，特别是增强小城镇人口集聚的功能；四是坚持集约高效、绿色低碳发展，提高城镇土地、水等资源利用效率；五是创新城镇化的体制机制，包括人口、土地、行政管理和财税金融等领域改革，逐步消除制度障碍，增强城镇化发展的内在动力。
此外，公安部、民政部、财政部、人力资源和社会保障部、国土资源部、住房和城乡建设部等部委从优化调整行政区划、完善财税体制改革、做好农民工维权和社会保障等方面作出回应。