国务院在批复中明确提出，《规划》实施要以科学发展观为指导，认真贯彻落实2011年中央1号文件精神，以完善流域防洪减灾、水资源综合利用、水资源与水生态环境保护、流域综合管理体系为目标，坚持全面规划、统筹兼顾、标本兼治、综合治理，注重科学治水、依法治水，协调好生活、生产和生态用水关系，促进辽河流域水资源的合理开发、优化配置、全面节约、有效保护和综合利用，为实现经济持续健康发展和社会和谐稳定提供有力支撑。
通过《规划》实施，到2020年，辽河流域重点城市和防洪保护区基本达到防洪标准，山洪灾害防御能力显著提高；城乡供水和农业灌溉能力显著增强，城乡居民生活用水全面保障；流域主要河流和重要湿地最小生态水量得到保障，饮用水水源地及省界缓冲区水质全面达标，地下水超采基本遏制，重点区域水土流失有效治理；最严格水资源管理制度基本建立，涉水事务管理全面加强。到2030年，流域防洪减灾体系更加完善，防洪减灾能力进一步提高；节水型社会建设取得明显成效，水资源利用效率显著提高；河湖和湿地生态水量得到保障，地下水超采量全部压减，水生态环境恶化趋势基本遏制并有所改善，黑土资源有效保护；流域综合管理现代化基本实现。
要完善流域防洪减灾体系。加强辽河堤防建设，在主要支流上建设必要的防洪水库，改扩建分洪枢纽和跨河阻水建筑物，进行河道险工整治和疏浚清障，完成病险水库和水闸除险加固，建设流域防洪预警系统和山洪灾害易发区预警预报系统，加强重点涝区治理。
要合理配置和高效利用水资源。实施吉林中部城市引松供水、绰尔河引水等水资源配置工程，逐步形成“东水中引、北水南调”的流域水资源配置布局。全面推进节水型社会建设，调整产业结构和农业种植结构，严格限制发展高耗水、高污染工业，大力发展现代高效节水农业，加快灌区续建配套与节水改造，实施节水增粮行动。
要加强水资源与水生态环境保护。全面开展流域水功能区水质监测，强化水资源保护措施，严格控制污染物入河量。科学实施重点水库生态调度，建设必要的水生态修复工程。对地下水超采区实施限采、封存或替代水源等措施，保护地下水资源。加强水土流失综合治理，重点实施黑土资源保护工程。
要强化流域综合管理。实行最严格水资源管理制度，建立流域用水总量、用水效率和水功能区限制纳污控制指标体系。健全防洪管理制度，完善防御洪水方案、洪水调度方案和抗旱工作机制。规范河道岸线和采砂管理。完善水量、水质、水生态环境综合监测系统建设。
依照《中华人民共和国水法》，《规划》是辽河流域开发、利用、节约、保护水资源和防治水害的重要依据。国务院要求，流域内各省（区、市）人民政府和有关部门要加强领导，密切配合，认真分解落实《规划》提出的各项任务措施，精心组织实施，切实保障流域防洪安全、供水安全、粮食安全和生态安全。