《方案》指出，湿地保护是生态文明建设的重要内容，事关国家生态安全，事关经济社会可持续发展，事关中华民族子孙后代的生存福祉。要实行湿地面积总量管控，到2020年，全国湿地面积不低于8亿亩，其中，自然湿地面积不低于7亿亩，新增湿地面积300万亩，湿地保护率提高到50%以上。严格湿地用途监管，确保湿地面积不减少，增强湿地生态功能，维护湿地生物多样性，全面提升湿地保护与修复水平。《方案》明确了拟建立完善的一系列湿地保护修复制度。
在完善湿地分级管理体系方面，根据生态区位、生态系统功能和生物多样性，将全国湿地划分为国家重要湿地（含国际重要湿地）、地方重要湿地和一般湿地进行管理，并探索开展湿地管理事权划分。在实行湿地保护目标责任制方面，确定全国和各省（区、市）的湿地面积管控目标，逐级分解落实。合理划定纳入生态保护红线的湿地范围，实施湿地“占补平衡”制度，将湿地面积、湿地保护率、湿地生态状况等保护成效指标纳入地方各级人民政府生态文明建设目标评价考核等制度体系。在健全湿地用途监管机制方面，按照主体功能定位确定各类湿地功能，实施负面清单管理。完善涉及湿地相关资源的用途管理制度，依法对湿地利用进行监督，严厉查处违法利用湿地的行为。在建立退化湿地修复制度方面，明确湿地修复责任主体，多措并举恢复原有湿地，增加湿地面积。编制湿地保护修复工程规划，实施湿地保护修复工程，对集中连片、破碎化严重、功能退化的自然湿地进行修复和综合整治。在健全湿地监测评价制度方面，明确监测评价主体，完善湿地监测评价规程和标准体系。建立湿地监测数据共享机制和统一的湿地监测评价信息发布制度，加强监测评价信息应用，建立监测评价与监管执法联动机制。
《方案》还提出了湿地保护修复保障机制，明确要求加强组织领导，进一步完善综合协调、分部门实施的湿地保护管理体制，形成湿地保护合力。抓紧研究制定系统的湿地保护管理法律法规。加大资金投入力度，形成多渠道投入机制，探索建立湿地生态效益补偿制度。加强湿地基础和应用科学研究，开展湿地保护与修复技术示范。进一步开展湿地保护公众宣传教育，形成全社会保护湿地的良好氛围。