在构建高质量物流基础设施网络体系方面，《意见》提出，围绕“一带一路”建设等重大战略实施，选择部分基础条件成熟的承载城市，启动第一批15个左右国家物流枢纽布局建设。引导各类社会资本加大对公铁、铁水、空陆等不同运输方式的转运场站和“不落地”装卸设施等方面的投入。推动具备条件的物流园区引入铁路专用线，支持铁路专用线进码头。实施城乡高效配送专项行动、“邮政在乡”工程，升级“快递下乡”工程。鼓励和引导城市共同配送公共信息平台加强与国家交通运输物流公共信息平台的有效衔接。
《意见》提出，加强生产服务型国家物流枢纽建设，增加开行面向大型厂矿、制造业基地等的“点对点”直达货运列车。加快发展面向高附加值制造业的航空货运服务，加大“卡车航班”开行力度。加强邮政、快递物流与特色农产品产地合作，畅通农产品“上行”通道。
根据《意见》，多部门将努力增强物流高质量发展的内生动力。鼓励和支持共享物流模式、共同配送、集中配送等先进物流组织方式发展。加快数字化终端设备的普及应用，实现物流信息采集标准化、处理电子化、交互自动化。研究制定统一的多式联运服务规则，加快建设多式联运公共信息平台，促进货源与公铁水空等运力资源有效匹配，降低车船等载运工具空驶率。以绿色物流为突破口，推行实施货物包装和物流器具绿色化、减量化。通过既有政策措施加快淘汰存量非标货运车辆和鼓励应用中置轴厢式货车等标准厢式货运车辆。鼓励和支持公共“挂车池”等共享模式和甩挂运输等发展，鼓励企业使用智能化托盘等集装单元化技术。
降低车辆通行和港口物流成本是重点之一。《意见》提出，全面推广高速公路差异化收费，完善货车使用ETC非现金支付等优惠政策。逐步取消高速公路省界收费站，降低水路运输过闸费，进一步清理港口收费，合理降低收费标准。