一是建设布局合理的铁路集装箱运输系统。集装箱运输对铁路的运输速度、准时有较高要求，客观上要求铁路线路有较大的能力储备做后盾，必然要求足够的铁路通道能力满足集装箱运输和空箱调配的需求。此外，铁路集装箱运输发展到一定规模后，功能完善的联运枢纽和布局合理的铁路集装箱站场的核心地位和支撑作用更加突出，对提高铁路集装箱多式联运运作效率和综合效益具有重大影响。本次《规划》针对铁路运输通道能力不足、枢纽场站缺乏功能统筹和优化布局的发展瓶颈，提出要“构建能力充分、衔接高效的铁路集装箱专业运输通道和多式联运通道”；“统筹公铁、铁水等多种运输方式紧密衔接的综合枢纽规划布局”，通过运输通道“线”和场站“点”的统筹规划、建设和优化，推动铁路集装箱运输系统布局更加合理。
二是建设设施完善的铁路集装箱运输系统。目前，虽然我国各类装备基本都已经具备各自的标准，但整个集装箱多式联运装备技术标准还没有形成体系，联运装备在不同运输方式的尺寸、重量和技术要求不统一、不匹配，造成了多式联运装备“联不上”，加之装备技术水平较低和配备不均衡，严重的影响了铁路集装箱运输的中转效率。这次《规划》针对这些问题明确提出了“要加快完善相关法规、标准规范体系”；“加快装备技术升级，更新升级铁路传统设施设备”；“研发内陆集装箱”；“加快研发多式联运设施设备”等，以促进我国铁路集装箱运输系统的设施设备技术水平提升和匹配协调。
三是建设便捷高效的铁路集装箱运输系统。当前，我国铁路集装箱枢纽场站不衔接、功能不完善、信息资源共享不足等问题突出，内陆园区没能引入铁路，港口端的铁路、水运不能做到高效衔接，公路运输也未能充分发挥快速集散的作用，极大的制约了我国铁路集装箱运输市场发展壮大。针对这些问题，本次《规划》提出“要围绕铁路集装箱场站，加快公路配套建设，形成以一、二级铁路集装箱场站为中心的配送网络”；“加快实施铁路引入大型公路货运站、物流园区、产业园区工程”；“加强铁水联运衔接，整合港区铁路、港口、航运等多方资源”；“推动信息开放共享”；“加快集装箱铁水联运公共信息服务平台建设”，促进铁路集装箱多式联运的便捷高效发展。
四是建设协调融合的铁路集装箱运输系统。实现“十三五”时期发展目标，必须牢固树立并切实贯彻协调的发展理念，在《规划》中主要体现在铁路集装箱运输的机制、规划、主体以及环境的统筹协调。《规划》提出要“建立国家发展改革委、交通运输部、海关总署、质检总局、铁路总公司等部门和单位推进多式联运发展协调工作机制”；“地方相关部门要将铁路集装箱多式联运建设纳入综合交通运输发展规划”；“推动铁路、港口、航运、金融、信息等企业建立联动机制”；“提升资源综合利用，与各类环境敏感区相协调”。
五是建设全程服务的铁路集装箱运输系统。目前，我国铁路集装箱多式联运企业对全链条服务控制能力有限，很难有效控制铁路集装箱多式联运全程的服务质量，急需在供给侧发力去更好的适应经济社会发展的新形势、新要求，为社会提供全程高品质的运输服务。对此，《规划》提出要“打造‘互联网+’服务模式，实现‘一站式’线上服务”；“提供全程综合物流系统解决方案”；“探索建立‘一站托运、一票到底’的便捷服务模式”。此外，对于经营主体的培育，《规划》也提出要“鼓励地方对多式联运业务骨干企业及示范项目给与资金支持”；“支持有实力的运输企业向多式联运经营人转变”。