2012年农产品加工产值与农业总产值之比仅为0. 5:1，低于全国1.74:1和自治区0.74:1的水平。
二是改革需进一步深化。对重点领域改革还存在认识尚不统一、顶层设计不够、配套改革未能很好协同推进，发展动力和活力远未充分释放。“三化”建设缺乏统筹协调，城镇化呈强力快进之势，但产业特别是新型工业化、农业现代化支撑不足，城市人气、商气不活，承载集聚辐射功能还不强；新型工业化、农业现代化发展还不足，难以促进人口、就业、消费向城镇转移聚集。大企业大集团组建不快，党委确定的农业八大产业集团以及建材、煤炭、电力、化工等企业集团，除果业、乳业、建材集团已启动实施外，其它的还处于调研、方案制定等前期工作阶段。目前，兵团拥有年销售收入过百亿元的大企业大集团仅有2家，与规划目标相差很远，产业小、散、弱，产品雷同，内部相互竞争、压价，影响了行业整体实力的提升。
三是民生改善任务依然繁重。城镇化推进中存在重速度、轻质量，重物的建设、轻人的全面发展倾向，城镇化率与城镇化内涵不同步、公共服务体系建设不配套、社会组织发育滞后、社会管理水平与经济发展水平不协调，与职工群众对现代城市文明生活的期望仍有较大差距。人口总量增长缓慢，布局和结构不协调，前2年人口增长未完成规划目标，人口老龄化程度高，2012年60岁以上人口占兵团总人口比重达到20.5%，高于全国7个百分点，社会供养负担重。收入总体水平还不高，职工持续增收长效机制尚未建立，前2年城乡(团场)收入分别增长10.8%和10.9%，低于规划目标3.2和2.1个百分点，区域居民消费价格指数居高不下对实际增收形成明显“削减效应”。扶贫攻坚任务仍很艰巨，现有贫困人口占农牧团场户籍总人口的13.4%，贫困人口多、覆盖面广，所在团场生态环境脆弱、基础设施建设滞后、主导产业支撑力不强，与实现跨越式发展的要求不相适应。
四是科技、人才对经济社会发展的支撑能力有待提高。创新驱动能力不强，科技投入虽逐年加大，但投入强度仍处于较低水平，2012年研究与试验发展经费支出占生产总值比重不及全国平均水平一半，科研力量雄厚、经济比重占兵团1/4的八师，2012年科技研发投入不足2亿元，占生产总值比重为0.72%，低于兵团平均水平0.21个百分点。科研经费支出与产业结构转型升级总目标不相适应，大多数师科研经费支出85%以上用于农业。政府性科研投入占总投入经费比重达到43%，企业在技术创新决策、投入、组织和成果转化中的主体地位不突出。人才开发利用水平不高，现有人才总量、人才结构不能满足经济快速发展和产业结构转型需要，前2年人才数量年均增长低于同期生产总值增长8个百分点。
五是资源环境约束日益增大。节能减排形势严峻，单位生产总值能源消耗降低、单位生产总值二氧化碳排放降低、主要污染物排放3项指标完成情况不佳。经济呈现高投入、高消耗的特点，如不加快产业结构转型升级，节能减排目标很难完成。资源储备不足。建设用地供给压力大，城镇化和新型工业化快速推进，建设用地规模快速扩张，后备耕地总量虽较为丰富，但水土资源时空匹配性差，建设用地与耕地“占补平衡”压力大。农业用水处于紧平衡状态，特别是耗水量大的煤化工、金属冶炼等项目建设，以及国务院“最严格水资源保护制度”管控要求，加剧了水资源供需矛盾。自身掌控煤炭资源量少，原煤生产能力为1300万吨，仅完成规划目标的23%，随着重化工业快速发展，煤炭等矿产资源不足的矛盾日益凸显。电网架构薄弱，区域性电力联网格局没有形成，电力保障能力亟待加强。